Очень часто из-за вирусов бывают ситуации, когда файлы и папки на съемных дисках куда-то исчезают. На самом деле в большинстве случаев они остаются, но их просто не видно. Просто вирус или другая вредоносная программа меняет их атрибуты. Для того, чтобы увидеть свои данные нужно включить отображение скрытых файлов и папок, а также показать системные файлы.
Для этого открываем проводник и в:
Windows XP идем в меню «Сервис > Свойства папки > Вид»
Windows 7 «Упорядочить > Параметры папок и поиска > Вид»
Windows 8 «Вид > Параметры > Изменить параметры папок и поиска»

В открывшемся окне переходим на вкладку «Вид» и ставим переключатель на «Показывать скрытые файлы, папки и диски» и снимаем галочку напротив «Скрывать защищенные системные файлы (рекомендуется). 

После данных действий все файлы и папки будут доступны. Для того, чтобы они были видными без данных параметров нужно изменить их атрибуты. Воспользуемся бесплатным файловым менеджером Unreal Commander. Откроем папку с файлами и выделим их. Затем идем в «Файл> Изменить атрибуты».

В окне атрибутов снимаем галочки напротив «Системный, Скрытый, Только чтение» и нажимаем ОК. Теперь файлы и папки должны быть доступны для изменений и видимые.

Конечно, поставьте или обновите антивирус, а то такая ситуация может повториться еще.